曹志伟上海生物信息技术研究中心功能基因研究组组长

发布日期:2014-07-29

曹志伟,博士,毕业于新加坡国立大学计算科学系,计算生物学/生物信息专业。同济大学生命科学与技术学院副院长,教授,博士生导师;上海生物信息技术研究中心功能基因研究组组长。

主要研究领域:生物信息学,计算生物学

主要研究方向:中药信息学,抗体信息学,功能基因组学

到目前共建成生物大分子模拟软件2个,中药机理特色数据库3个,已发表了Pharmacological Reviews (IF>22.8), PNAS (IF>10),Molecular Cell Proteomics (IF>9.9), Nucleic acids research (IF>7.5), Clinical Pharmacology & Therapeutics (IF>7.5),Briefings in Bioinformatics (IF>5.5),Drug Discovery Today (IF>7.1),Plos one (IF>4.0),Journal of Chemical Information and Modeling (IF>4.0),BMC bioinformatics(IF>3.0) 等SCI论文60余篇,其中第一和通讯作者40余篇。

主要着眼于主要着眼于功能基因、重要功能蛋白质等,采用生物信息学、计算生物学以及分子模拟等方法对中药作用机理、抗体抗原识别机制、蛋白质相互作用网络、功能预测、蛋白质组学以及比较基因组学等方面进行研究。已承担多项973、863和自然科学基金资助的国家项目以及上海市项目,部分项目已顺利结题。

中药信息学方面,率先把计算机辅助药物设计方法引入中药机理研究,先后建成了五个整合型中药数据库,并利用计算生物学模拟配对,研制了一整套的“多成分、多靶点”的中药机理预测模拟系统。平台已为国内外多家中药研究机构提供了高水平合作科研和服务。

免疫信息学方面,围绕分子免疫的关键问题进行,建立了相应的抗体抗原计算平台,并提供网上免费服务。主要利用分子模拟方法研究抗体抗原的相互作用规律. 曾经发展应用了一种新型的氢键势能函数先后模拟了核酸和反义药物的相互作用,蛋白质的集合运动,以及蛋白突变与药物抗性行为,为进一步揭示蛋白的结构和功能关系奠定了基础。相关工作陆续发表在Drug discovery today、Nucleic Acid Research等。利用大规模统计方法挖掘了蛋白抗原与抗体作用界面的特异性规律。